地方保护主义是中国经济发展过程中存在的一个突出问题，很多地区深受其害。虽然中央政府三令五申，要求各级地方政府放弃这种破坏市场经济关系的做法，但其仍然时有发生。
地方保护主义做法导致地方与整体国家利益受损的例子举不胜举。其引发的区域经济冲突主要有三种形式，即重复建设、原料大战与市场封锁。比如，风电和光伏产业属于国家鼓励的战略性新兴产业之一，于是各地区一哄而上，导致重复建设，以至于出现光伏企业倒闭潮;许多地区盲目发展钢铁行业，导致哄抬进口铁矿石价格，进而造成企业利益受损与国家利益流失;汽车是拉动经济增长的重要产业之一，但很多地区盲目发展汽车产业，使得汽车产能过剩，于是一些地方出台保护本地汽车企业的政策，造成汽车业在国内市场面临不当竞争。许多事实表明，处于地方保护主义下的企业很难适应真正的市场竞争。
地方保护主义难以实现初衷的原因比较简单。在地方保护主义做法无法被杜绝时，地方政府往往围绕自身利益进行逻辑推理：其他地区选择不保护，我们保护本地企业就会增进利益;其他地区选择保护，我们不保护就会利益受损。因此无论其他地区如何选择，本地最佳选择就是保护本地企业，这就是地方保护主义的“囚徒困境”。
既然实践与理论均证明其不正确，中央政府也明令禁止，那么地方保护主义为何又屡禁不止呢？
首先，地方政府是推行地方保护主义的主体。为了履行发展地方经济的首要职能，某些地方政府往往陷于狭隘的地方利益观，只考虑自身利益和眼前利益，无法从长远角度看到地方保护主义对本地的危害以及由此引起的其他地区的“报复”。在相关地方各自为政的情况下，很多所谓区域合作完全停留在口头上，难以形成真正的利益共同体。
其次，虽然我们已有很多制止地方保护主义的规定，但这些规定大多并未明确具体处罚方式和对象，因此约束力稍显不足;另外，我们现有一些区域发展规划也都还有待加强之处，如果能够做好区域管理创新，或可有效避免相关地方政府之间的恶性竞争。
需要特别注意的是，为了适应经济新常态并掌握全球化主导权，中国提出了“一带一路”构想。兄弟阋墙则难以外御其侮，若是国内地方保护主义盛行之势不改，则其很可能会影响“一带一路”的顺利推进。客观而言，不从根本上铲除其滋生的环境，中国的对内对外开放新格局就难以形成。
当前，宏观经济下行压力未减，防止地方保护主义对增强经济活力也有重要意义。地方政府发展经济的重点应放在为企业跨地区扩张创造良好的氛围并促进企业区域合作上。地方政府只有在大范围区域内甚至是全球范围内寻找本地的发展方向与思路，并制定出促进企业跨地区合作的政策，才有可能避免地方保护主义。
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